2019년, 서울 관악구에 위치한 A라는 벤처기업이 운영하는 건물에 대한 기막힌 일이 발생했습니다. 이 건물은 첨단 벤처기업의 창업시설로 지정받기 위해 신축되었으며, 실제로 11개의 벤처기업이 입주할 예정이었다고 합니다. 문제는 이 건물이 **사용승인**을 받은 **8월 20일** 이후에야 **9월 16일** 벤처기업집적시설로 지정받았다는 점입니다. 문제는 이 작은 시간 차이였죠. 원래라면 벤처기업에 대한 세제 혜택을 받을 수 있었겠지만, 법원은 이 경우 **취득세와 등록세 면제 혜택을 받을 수 없다**고 판결했습니다.
법원은 "벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제받기 위해서는 **부동산의 취득 이전에 시·도지사로부터 벤처기업집적시설의 사업시행자로 지정되어 있어야 한다**"고 명확히 규정했습니다. 즉, **건물 사용승인을 받은 후** 벤처기업 지정받는 것은 **세법상 허용되지 않는다**는 것이 핵심입니다. 법원은 조세법률주의에 따라 문언을 엄격하게 해석해야 한다고 강조했습니다.
피고인 A는 다음과 같은 주장을 했습니다: 1. 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 임대할 목적으로 건물을 신축하면서 사업시행자 지정신청을 했음. 2. 건물 준공 후 사업시행자로 지정되었으며, 현재 벤처기업집적시설로 사용 중임. 3. 따라서 취득세와 등록세 면제 대상이 되어야 함. 그러나 법원은 이 주장에 대해 "사용승인 전에 사업시행자로 지정받아야 한다"는 조항을 근거로 기각했습니다.
가장 결정적인 증거는 **건물 사용승인 일자**와 **벤처기업집적시설 지정 일자**의 차이였습니다. - **건물 사용승인일**: 1998년 8월 20일 - **벤처기업집적시설 지정일**: 1998년 9월 16일 법원은 이 두 일자 사이의 간극이 문제라고 판단했습니다. 즉, **사용승인 전에 사업시행자로 지정받지 않았다면** 세제 혜택을 받을 수 없다는 것이죠.
네, 만약 벤처기업집적시설로 지정받기 전에 부동산을 취득하거나 사용승인을 받은 경우, 세제 혜택을 받을 수 없습니다. 예를 들어, 만약 당신이 2025년 1월 1일에 벤처기업집적시설로 사용하려는 건물을 건축허가받고, 2025년 2월 1일에 사용승인을 받은 후 2025년 3월 1일에야 벤처기업집적시설로 지정받았다면, **세금 면제 혜택을 받을 수 없습니다**.
1. **"사용승인 후에 벤처기업 지정받아도 혜택을 받을 수 있다"** - 실제로는 **사용승인 전에 사업시행자로 지정받아야** 합니다. 2. **"기업이 이미 입주했다면 혜택을 받을 수 있다"** - 법원은 "사용승인 전에 지정받아야 한다"고 명시하고 있으므로, 입주 여부는 고려하지 않습니다. 3. **"관련 부서가 유권해석이 있을 때까지 기다려도 된다"** - 유권해석이 있더라도, 이미 사용승인을 받은 후에는 혜택을 받을 수 없습니다.
이 사건에서는 **취득세 2,225만 원, 농어촌특별세 2,225,770원, 등록세 8,903,110원, 교육세 1,780,620원** 총 **약 1억 5,000만 원**의 세금을 부과받아야 했습니다.
이 판례는 벤처기업과 관련한 세제 혜택을 받으려면 **건물 사용승인 전에 사업시행자로 지정받아야 한다**는 점을 명확히 했습니다. 이후 유사한 사례에서 벤처기업이 세제 혜택을 받기 위해서는 **사업시행자 지정 신청을 더 빨리 해야 한다는 인식을 심어주었습니다**.
앞으로도 **사용승인 전에 벤처기업집적시설로 지정받지 않은 경우**, 세제 혜택을 받을 수 없다는 판례가 계속 적용될 것입니다. 따라서, 벤처기업집적시설을 계획 중이라면 **건물 신축이나 사용승인 전에 사업시행자 지정 신청을 꼭 마쳐야 합니다**. 이 판례는 벤처기업과 세무 당국 모두에게 **세제 혜택을 받기 위한 정확한 절차**를 강조하는 계기가 되었습니다.